Süper Kahramanlar: Taşların Peşinde, canavarların galaksiye saldırması üzerine güçlerini birleştiren Süper Kahramanlar’ın hikayesini konu ediyor. Süper Kahramanlar, uzak bir galakside yaşamaktadır. Enerji Taşı’nı korumak için savaşan kahramanlar, bu sırada güçlerini kaybeder. Canavarların Planet Xing’e saldırması üzerine Süper Kahramanlar, güçsüz olsalar da birlikte çalışarak canavarları alt etmeyi başarır ve barış galaksiye geri döner.