Io Capitano, Avrupa'ya ulaşmak için Dakar'dan ayrılan iki gencin hikayesini konu ediyor. Seydou ve Moussa, Dakar’dan ayrılıp Avrupa’ya gitmeye karar veren kardeşlerdir. Yolculukları boyunca onlar, çölün tuzakları, Libya'daki gözaltı merkezlerinin dehşeti ve denizin tehlikeleri gibi bir dizi zorlukla karşı karşıya kalır.